农药残留主要是使用农药后造成的，有以下几个方面的源途：一是从土壤中吸收。喷施农药过程中，大部分的药剂流落到土壤中，这些药剂中的一部分会在土壤中积累。作物根系在吸收水分和营养的同时，也会吸收药剂并转入到作物地上部位。某些具有挥发性的农药还会从土壤中挥发到空气中被作物吸收。二是农药的直接喷施。农药喷施于农作物，部分沉积在植物表面，部分渗入内部，内吸性药剂还会输导到植株各部位。这些在植株体表或体内的农药，都会逐渐降解，使残留量逐渐降低。采收距施药时期愈长，残留量愈低。三是空气飘移。农田周围施药后，从着药表面挥发进入大气，吸附在飘浮的尘埃上，或者直接随气流飘来的雾滴、粉粒等，都会在一定距离外直接沉降或随雨水淋降在作物上。四是由水携带。农田灌溉和喷药都要用大量的水，被农药污染的水会由此而进入农作物体内。水溶性大的农药更易随水进入农作物体内。

农药残留的危害：一是对环境的危害。喷洒的农药除部分落到作物或杂草上，大部分落入土壤中或飘移落至施药区以外的土壤或水域中，土壤杀虫剂、杀菌剂或除草剂直接施于土壤中。这些残留在土壤中的农药，虽不会直接引起人畜中毒，但它是农药的储存库或污染源，可以被作物根系吸收，可逸失到大气中，可被雨水或浇灌水带入河流或浸入到地下水，直接污染饮水水源。二是对农副产品的危害。大多数农药按照推荐剂量，施用方法和时间、使用次数施用后，农副产品中的农药残留量不会超过国家规定的标准，即不会产生危害性，但是事实上农药残留量超过标准仍时有发生，对人体健康带来一定的影响。