绿色食品标准与普通食品标准的不同主要体现在以下两方面：

首先在标准属性方面，绿色食品标准不是针对某一产品的单一标准，而是由一系列标准构成的标准体系。

其次在标准技术内容方面，普通食品标准的技术指标要求一般只包括产品的质量等级要求、感官和理化要求，而没有具体的安全卫生指标要求。例如国家标准GB 1353-2009《玉米》规定了玉米的质量要求和卫生要求：质量要求规定了水分、杂质、不完善粒等指标；卫生要求则是按照国家粮食卫生标准和饲料卫生标准的规定执行。而绿色食品标准《绿色食品玉米及玉米制品》中：对于初级农产品，其规定的技术指标至少包括产地环境要求、产品感官要求、理化要求以及卫生要求四部分（产地环境、原料要求、质量要求和卫生要求均有详细的规定，其中卫生要求所涉及的安全指标就达19项）；对于加工产品，其规定的技术指标则除上述产品的感官、理化和卫生要求外，还包括产品原料的产地环境和质量要求以及加工环境的要求等方面。